Auf der Arbeitsebene treffen sich unter Leitung der Geschäftsstelle (bis 2021 mit Unterstützung von Sweco) die verschiedenen Arbeitsgruppen, um die einzelnen Themen und Projekte projektspezifisch und zielgerichtet auszuarbeiten.

Lenkungsgruppe
In der Lenkungsgruppe ist (mindestens) eine kommunale Ansprechpartnerin bzw. ein kommunaler Ansprechpartner je beteiligter Kommune auf der Arbeitsebene vertreten. Die Lenkungsgruppe wird dann einberufen, wenn neue Themen besprochen werden sollen, die nicht in den Zuständigkeitsbereich der übrigen Arbeitsgruppen fallen. 

Mobilitätsausschuss
Der Mobilitätsausschuss kommt bedarfsgerecht zusammen, um das Kooperationsthema „Mobilität“ sowie mobilitätsbezogene Maßnahmen zu bearbeiten und zu begleiten. Er fungiert als Diskussions- und Abstimmungsgremium in allen Mobilitätsfragen und besteht aus einem Mitglied pro Kommune. 

Büroleiterrunde
In der Büroleiterrunde sind die 11 Büroleiterinnen und Büroleiter der beteiligten Kommunen vertreten. Die Büroleiterrunde trifft sich bedarfsgerecht, um an der „Kommune der Zukunft“ zu arbeiten. Ziel ist es, neben konkreten Projektideen zu den Themen „Kommunale Aufgaben“ und „Digitalisierung“ auch weitere Kooperationsthemen zu identifizieren und vorzubereiten. Durch die Vernetzung, kontinuierliche Zusammenarbeit sowie die Einbindung externer Fachexperten erfolgt die Weitergabe von Best-Practice-Beispielen. 

Romantischer Rhein e.V.
Der Romantischer Rhein e.V. wurde als bestehende Struktur innerhalb des Städtenetzes „Mitten am Rhein“ als Hauptansprechpartner für das Kooperationsthema „Tourismus“ gewählt und entwickelt touristische Kooperationsprojekte. Der Verein trifft sich hierfür in Verbindung mit der Geschäftsstelle nach eigenem Bedarf, diskutiert zielgerichtet Inhalte und erarbeitet Projektvorschläge. Die Vertreterinnen und Vertreter des Städtenetzes werden zu den Sitzungen des Vereins eingeladen.